2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。 少女琉南?纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密…… 苹果核战记续集非核大战让人类的数量减少了一半。奥林匹斯是停战后形成的中立都市，在这里，普通人类、电子机械人，以及用人类遗传因子造出的生化克隆人混居在一起。 时值2138年，迪娜和布里亚莱奥斯是奥林匹斯特殊部队ES.W.A.T的天才战士，两人既是战场上的好搭档，也是一对心心相应的恋人。由于负伤，布里亚莱奥斯的身体被机械化，而迪娜对他的爱并未改变。 在一场战斗中，布里亚莱奥斯为了掩护迪娜而身受重伤。在机械医疗权威凯斯纳博士的治疗下，濒死的布里亚莱奥斯保住了性命，却陷入了沉睡状态。上级给迪娜安排了一个新搭档填补空缺。这个男人叫特雷乌斯，是用布里亚莱奥斯的遗传因子制造而成的克隆人，他和布里亚莱奥斯有着同样的脸和同样的温柔。起初迪娜对这一安排相当反感，但特雷乌斯身上恋人的影子让她的心产生了动摇。 各地发生多起机械人失控的破坏事件。当局查到了一种可疑的电波，机械人可能是受到了操纵。为此世界最大的国家波赛冬派出了使节吉野。奥林匹斯的行政总监雅典娜准备集结各国首脑召开安全保障会议，在会上提出让所有观测、通信卫星归奥林匹斯统一管理、强化监控力量的计划。 会议当天，迪娜、特雷乌斯、苏醒的布里亚莱奥斯及其新搭档——半身机械化的艾亚克斯也是警卫兵的一员。不料，不仅机械人，甚至连人类也开始失控，疯狂地进攻会场。进而艾亚克斯也举枪向会场中的国家首脑射击。布里亚莱奥斯不得不亲手杀死了自己信赖的搭档，在悲苦之中，他的身体悄悄地发生了异常…… 关乎世界存亡的激战开始了。迪娜将会做出怎样的抉择？是人类的未来，还是深爱的恋人？